Resulta que si le ponemos a grabar los streams recibidos a Wowza desde flex, solo genera un .mp4 con el audio.

El tema es que para que pille el video, tenemos que definir la emisión del mismo como H264.

Así que tan sencillo como irse a este enlace y descargarse el zip con el ejemplo de flex con la codificación H264 en la emisión.

Descargar el ejemplo para flex con emision de video con H264